איך מנוהלים ארגונים של סיינטולוגיה?

כל ארגון של סיינטולוגיה הוא תאגיד בפני עצמו והוא מנוהל על-ידי מועצת המנהלים שלו. מחזיקי תפקידים רשמיים והמנהלים מרכיבים גם את ההנהגה הדתית של הארגון ויש בידם את האחריות המלאה למתן שירות לחברי קהילתם. 

כנסיית הסיינטולוגיה הבינלאומית (CSI), כנסיית האם של דת הסיינטולוגיה, ממוקמת בלוס-אנג'לס. CSI מפקחת על הפעילויות הדתיות של כל הארגונים, המרכזים והקבוצות של סיינטולוגיה ברחבי העולם, ודואגת לכך שארגונים אינדיבידואליים יקבלו הכוונה בפעילותם הדתית. CSI גם מספקת את התכנון וההכוונה הנרחבים אשר דרושים כדי לתמוך בצמיחה הבינלאומית של הדת.